Kontrolling nélkül a vezetők a későn észlelt problémák felismerése után gyakran általánosítva hoznak döntéseket, például fűnyíró elven csökkentik a kiadásokat, ami általában nem megalapozott. A kontrolling sajátosan jelenik meg a költségvetési szférában. Noha az alapelvek ugyanazok, mint a gazdálkodó szervezeteknél, eltérések is tapasztalhatók. Ám mindkét típusú szervezetben vannak költséghelyek (még ha ezeket pl. a könyvtárakban ritkán nevezik így), költségviselő tevékenységek és szolgáltatások, melyekhez a bevételeket rendelik. Ehhez meg kell határozni a költséghelyre jellemző teljesítési egységet. Ez lehet beszédes mérőszám, vizsgálatszám, munkaóra stb. A fajlagos költség egyben a belső elszámolási árat is jelenti. Költséghelyeken bevételt nem értelmezünk, az csak költségviselőkön jelenik meg. A költségvetési intézményre jellemző sajátos bevételek jelennek meg a költséghelyek (osztályok) költségviselőin (tevékenységein), melyek az alábbiak lehetnek: költségvetési támogatás, vállalkozási bevétel, pályázati bevétel stb. A mennyiségi értékeléshez szükséges az adott intézmény tevékenységeire, költségviselőire vonatkozó súlyszámrendszer, melynek tükröznie kell az adott tevékenység reális ráfordításigényét. A költségviselő hatékonyságának megítéléséhez, a 'generált' bevétel meghatározásához ki kell számolni a költségviselőnél teljesített mennyiség és az átlagos költséget kifejező súlyszám szorzatát, így megkapjuk a költségviselő súlyszám-mennyiségét. A közintézményeknél gyakran nehéz elfogadtatni a kontrollingot. Gyakori, hogy a próbaelszámolások eredményeivel szembesült dolgozók megkérdőjelezik ezek hihetőségét arra hivatkozva, hogy ez náluk nem lehet reális. Természetes azonban, hogy az első próbaelszámolások nem adnak alapot messzemenő következtetéshez és vezetői döntésekhez. Itt kell kitűnnie annak, hogy mit kell még finomítani a rendszeren, illetve az adatgyűjtési módon. A vezetés a megfelelően működtetett kontrolling rendszer révén a költségvetési pénzek meghatározójánál, minisztériumi szinten kerülhet érvelő helyzetbe.