Hamar szembe találta magát a könyvtár az átadás elhúzódásából és az anyagi források elapadásából fakadó gondokkal és az ebből származó kényszerintézkedések következményeivel. Ennek az 1877-ben kezdődő hivatali ügyintézésnek a szereplői eleinte Trefort, a Vkm nagyhatalmú főnöke és az ekkora már ideiglenes igazgatóvá avanzsált, nagy reményeket tápláló Szinnyei voltak. (...)
Az ügy fent említett szereplői Dr. Staub Móric botanikus, ez idő tájt a mintagimnázium természetrajz-tanára, nem mellesleg a természetrajzi szertár felállításával hivatalból megbízott tanerő, később a [M. Földtani Társulat titkára], Bolla [János?] pedig, praeparátorként, a jobb keze volt. A tényállás pedig az volt, hogy a könyvtárigazgató többszöri figyelmeztetése ellenére a II. em. végzett boncolást követően, a nyitott "gangon" maradt állati tetemmaradványok a májusi melegben oszlásnak indultak, meglehetős bűzt árasztva. 1878. május 24-én este hivatalos vizsgálat vette kezdetét. Az ügy, ismétlődő esetnek bizonyult. Az előzményekről tudott a könyvtárigazgató és a mintagimnázium igazgatója is. A "mániákusan" boncoló praeparátor számára a könyvtár pincéjében volt kijelölve hely. Ám a boncolás továbbra is fent zajlott, míg nem a II. em.-i hosszú előszobában égve maradt a gáz és felelőtlenségből ott maradtak a tornácon a rothadó tetemek, Szilágyi türelme elfogyott. Az olvasóteremig ért az átható bűz.
Így ért véget a társbérlet, ami oly sok bosszúságot okozott a könyvtár vezetőségének.